ツアーが良いと思いますよ 私の場合には、TGVとバスで行きました。 日本からTGVは予約を入れて、現地で一泊して良い思い出になりました。 特に夕日とか、静かになった島の雰囲気とか、朝の清々しさを満喫出来ました。 でも、日帰りで行かれるのなら、ツアーの方がいいと思います。まず、バスの本数が少なく、また、バス乗り場等まごつくかもしれません。(私は少々焦りました) 時間を無駄に出来ない日程みたいなので、ツアーの方が無難だと思います。
追加情報 ちなみに、私の場合 9:05パリ・モンパルナス駅-11:08レンヌ(TGV) 11:30レンヌ-13:00モンサンミッシェル(バス) とおおよそ片道4時間掛かりました。帰りは翌日ロワール地方へ向かいましたので参考になりませんが、バスの時刻表には一日数本だったと思います。