ほとんどの客は、乗り継ぎ時間や飛行時間の短いほうを希望するからでしょう。

　航空会社が認めている最低乗り継ぎ時間をクリヤーしているので、前者のチケットでも問題ないはずです。(問題があれば、発券されません。)ほとんどの客は、あなたと違い、1分でも短いチケットを希望します。またコンピューター上でも、1分でも短いほうから出てきます。それで前者を提示したのではないでしょうか。
　あとは、私は調べていませんが、「その運賃では後者は満席」という可能性もあります。
　結局、旅行会社でもう一度訊いて、「もう少し乗り換え時間の長いほうがよい」と言えばよいと思います。
空港による違いはないと思います。到着時間が遅くなりますが、乗り継ぎのことが心配なら、後者を選べばよいと思います。(この時期のこのルートは、日本からの乗り継ぎ客が多いので、日本発の便が遅れた場合、両空港ともオーランド行きは少しぐらいなら出発を遅らせるような気がします。保証できませんが。)
　よい旅を。