JALは席のアサイン不可と書いてあるので

基本的にはチケットを何処から(どちらのエアラインから)購入
したかによって、その後の運命が決まります。JALのサイトでも
「システム上、座席指定はできません」とあるので、無理だと
思います。何故、JetStarで取らなかったのか?こちらで取れば、
座席もアップグレードもできたのだし。それにアップグレード
するのならば、はじめからその料金で買えば問題ないわけだし。

JAL便の客には、機内サービスは無料でしょう。予約を含め、よ
り人の手が介在するために、高くなっているも言えます。恐らく、
JALで上のクラスになれば、ビジネス料金なので、エコノミーか
らの差額たるや半端ではないと思います。これもチケットがJAL
のものだからです。

ダメもとで、JetStarに事前に頼んでみる。恐らく断られるでし
ょうから、その時は、できるだけ早くに空港に到着する。これが
裏技というか正攻法です。カウンターが開く前から並ぶことです。
JALとJetStarさらにカンタスとの座席の振り分けがどうなってい
るかは内部情報を聞き出すか、誰かが漏らすのを待つしかないと
思います。