サンフランシスコ市内に宿泊

私も、このホテルに夜到着して、その後サンフランシスコに行くというのは、ちょっと難しいと思います。
どうしてもというなら、すでに他の方が書かれていますが、「空港からタクシーでホテルに行き、タクシーを待たせたままチェックイン、そのタクシーでサンフランシスコへ」というのが一番よいのではないでしょうか。
帰りも当然タクシーなので、タクシー代も、かなりかかりますよ～。

それだけのタクシー代を使うなら、サンフランシスコダウンタウン(ユニオンスクエア付近)のホテルに宿泊なさったらいかがですか?
それなら、空港からBARTでホテルに行き、その後も夜遅くまで周辺を出歩くことができます。
あの辺りなら、夜遅くまで食事できるお店もあると思います。
(空港周辺の町は、本当に夜が早いです。)

ケーブルカーも深夜1時頃まで運行していますので、ケーブルカーでフィッシャーマンズワーフに行くことは可能です。

翌朝も、BARTで空港に行けばいいです。