不可能ではないーけど

アンコールワットには2度ほど行きましたが、乳児づれの方は見かけませんでした。
ほとんどは小学生以上のお子様づれ。

旅行の仕方によって、乳児・小さい子供を連れての旅行自体は可能だと思います。
とまとま55さん次第じゃないでしょうか。

でも、9月は雨期だし、高温で蒸し暑いです。
アンコール遺跡は、遺跡から遺跡への移動は車移動が可能ですが、遺跡の中は当然、歩きです。
他の方がおっしゃられているように、遺跡の中を見るのは、ベビーカーは無理なので、猛暑の中、子供を歩かせるorだっこしてまわることになると思います。

例えば、今、東南アジアに駐在していて、どうしても今しかアンコールワットに行く機会がないというなどの特別に理由があれば、行かれてもいいと思いますが、思い立って行きたいだけならば、もう少し、乾季の時期とか、お子様が小学生になられてから行くのでもいいのでは？と思いました。

もし、行かれるのなら、雨期はスコールがありその日のお天気に観光が左右されるので、日程に余裕をもって、1泊ではなく2泊にして、十分に水分補給と蚊などに気をつけて蚊よけスプレーをお忘れずに。