チェコ・・・というと、プラハ？

質問は、

「ウィーンからベルリンに移動中、プラハに一泊しようと思います。」
ということでいいのでしょうか？

プラハ城やカレル橋、歴史地区などの見どころは、
プラハ本駅(Praha hlavní nádraží)から少し（２～３km程度）離れていますので
メトロやトラム、バスの利用が必要（便利）となります。

しかし、どのみち到着時も出発時も利用する駅なのですから、
重たい荷物を持って移動するより、身軽になって移動する方がよいでしょう。
ホテルの値段もピンキリあるようですし。

そもそも１拍（丸２日と考えても）ではもったいない街です・・・
というか、以前とは違って、日本人に限らず人気の都市になったようで
待ち時間に結構費やす場所も多いので、観る時間が削られて
予定通りにはなかなか行かないかもしれません。

駅周辺の治安は、他都市同様によくはないですが
特別悪いというものでもなく、暗くならないうちにホテルに入れば問題ないと思います。