国内線

搭乗手続き

書かれている予定ですと、搭乗手続きは小松空港でサンフランシスコまですることになり、成田空港では小松空港で受け取った搭乗券を持って出国手続きするだけです。　預け入れた荷物はそのままサンフランシスコまで行くので、成田空港では何もする必要はありません。　なお、帰路は税関を通る必要があるので、成田で一旦荷物を取って、再度国内線カウンターで預けることになります。
一部の空港では国際線のチェックインができない場合がありますので、心配でしたらANAに問い合わせてみて下さい。

往路は3時間前、復路は到着が遅れなければ余裕です

日本国籍でしたら心配する必要ありません。
最悪往路は1時間前にチェックインカウンターに到着すれば大丈夫です。

雪の懸念

年末で混むといっても、想像はつきますから、3時間も前に空港に着いていれば、十分と思いますし、帰りもそれだけ乗り継ぎ時間があれば、成田は国際空港の中でも小さい空港ですから、問題ないと思います。

ただ年末年始頃の小松付近の降雪について見当がつきませんので、もしも雪の心配があるのであれば、行きは確実に成田に行けるほうを選んだ方が宜しいでしょうから、行きが新幹線で、帰りが飛行機のほうが宜しいのでは？

本当は小松から全日空でサンフランシスコ往復の方が、安価なのですが。