回答がないので

ザルツブルクでの経験が無いので、原則論でしかお答えできませんが、EUの免税手続はEU最終出発地で行う事になっています。

実際はEU内の他都市を経由して帰国する場合もあるために、荷物を日本まで託送荷物にする事によって最終出発地でなくても手続を受ける事が可能です。その為手荷物とするなら最終出発地で行わないといけません。

空港により搭乗手続き後に税関に行って承認後荷物を託送にしたり、先に税関に行くなど違いがある為　空港に到着後まず税関に向い指示を仰ぐと良いと思います。税関の職員の判断になるので原則通りウィーンで行いなさいと言われるかもしえませんが　試してみると良いと思います。

この空港からはEUではないスイスやモスクワへの便も運航されていますので免税手続の税関がターミナル1にあります。