定番は特急列車で往復

朝６時発のシャタブジ特急が快適です。２時間で着き、たとえデリーから空路があったとしても計３時間以上かかるので、乗る方はいないでしょう。新幹線のほうが速いので東京→名古屋に空路がないのと同じです。
帰りもこの特急にすると１２時間とタップリ、アグラにいられます。

タクシーをチャーター（現地観光案内所で依頼が無難）すれば郊外のファーテプルシークリーを含め３つの世界遺産を悠々見られます。

この特急、かなり豪華な食事付きで現地でのランチ代だけでOKです。
デリーに着いたらすぐに往復の列車を予約し、帰国前日くらいに日帰りするといいかも。