出発はいつですか？

すぐ出発のつもりで書きましたが、まもなく(例年２０日前後)でヨーロッパバスは運休になります。
もし、それ以降でしたら、他の方お勧めのローテンブルクツアーに参加を。またはミュンヘンから列車でローテンブルクへ。観光後、列車を乗り継ぎ、ベルリンがいいかと思います。

後者の場合、朝出れば、昼前後にはローテンブルクに着き、３時間ほど散策後、ベルリンには夜遅くには着きます。
ベルリンに行くなら、この方法しかないと思います。

昼からだとベルリンに１時間４０分しかいられません。

１３時前のICEだと１時間４０分、１２時前に出ても、２時間４０分しか滞在できないので、ブランデンブルク門とベルリンの壁くらいは見れますが、ほとんどが車内となります。

朝出れば、８時間弱滞在できますので、ベルリンに連泊して９時～１７時と丸１日観光するのと同じですので、十分可能なのですが。

これなら、合計乗車時間と観光時間がほぼ同じなので、私もしたことがあります。

日帰りの限度は片道４時間～４時間半でしょう。強行軍ですが、１日くらいは問題ないでしょう。

一番いいのは前回示したとおりミュンヘンからデュセルドルフまでベルリン経由で行くことです。
その途中にロマンチック街道があるので、その終点のヴュルツブルクからベルリンに出るのが効率的です。