追記 タクナ→クスコのダイレクト便についてはわかりませんが タクナ→プーノ、プーノ→クスコの便については 「San Martín」(サン・マルティン)社の便が多いようです。 現地であたってみてはいかがでしょうか。
Re: 追記 ありがとうございます。何か安心しました。乗合タクシーで行けばターミナルの隣に下ろしてもらえるのですね!