「宿泊契約」は同じ(一つの)ものなので混同できません。

旅行者(予約者、宿泊者)と宿泊機関の間で結ばれる「宿泊契約」は、直接であろうと、旅行会社等を介在させようと同じです。

旅行会社等を介在させた場合の旅行業者の役割は、「宿泊契約」が締結されるよう代理、媒介、取次をして便宜を図るというものです。
よく、手配旅行約款に基づく「手配旅行契約」と宿泊施設の約款による「宿泊契約」を同じものだと誤解してる方がいますが、この両契約はそれぞれ独立して存在する別の契約です。
旅行者が「いついつの、どことこ旅館を予約してください」という手配依頼し、旅行会社が「はいわかりました」といった段階で手配旅行契約が成立します。原則は申込金を支払うことが条件ですが、募集型企画旅行(いわゆるパック旅行)の申し込みと異なり、申込金の支払いがなくても、契約が成立するケースがいろいろある旨、約款で定められています。結果宿が取れなくても、手配旅行契約は有効ですから、旅行者は所定の手数料、(取扱料金)
を支払う義務を負います。旅行会社が「はい、取れました」というのは旅行者と宿泊機関の「宿泊契約」が成立したという意味で、宿泊契約に基づく宿泊代金を旅行会社が「前払い」的に代理して受け取るというケースが少なくありません。
このため、宿泊契約が旅行者と宿泊施設との間で結ばれたという感覚なく、手配旅行契約だけが存在しているような感覚になっているものと思います。

「取消料」も「宿泊料」と同じく、宿泊機関の約款(ポリシー)により決められており、便宜を図るだけの立場である旅行会社の約款に基づくものではない、ということは約款およびその正当性の根拠となる旅行業法で決められています。

宿泊施設は、現実的に 取消料を課金するのが難しい(旅行会社を間に入れる、クレジットカード情報の事前把握、前払い金の受け取り、などの方策を講じていない)場合、課金できないのは自分のリスクと考えているとされています。