たぶん大きな運賃差はないのでJAL発券のPG乗継にすればよかったのに。

JAL/WEは別々に発券されてますよね。それ前提で回答のため、REPまで同一記録のJAL発券なら参考になりませんので読み飛ばしてください。

別々に発券してれば必要な空港税は航空券発券時に徴収済みのため、入国しても新たに空港税が徴収される事は有りません。

運送約款に記載されているようにJALは別途発券されたWE航空券の目的地まで荷物を受託する必要はありませんが、一定の連帯運送の条件をクリアしていれば別途発券された航空券の目的地まで荷物を受託する事は頻繁にあります。しかしどこまで荷物を受託するかの判断は出発当日チェックイン担当者が行いますので、事前に航空会社に問合せしてもその回答と異なる事もよく有り得ます。

荷物があなたの最終目的地REPまでスルーで受託されれば、乗継エリア内を移動するだけなのでJAL便が大幅な遅延でない限り余裕で乗り継ぎ可能。荷物がバンコクまでとなれば入国/荷物受取/チェックイン後出国の流れとなるため、混み具合によってはかなり忙しい。

別々の発券であれば乗換（あえて乗継という言葉は使ってません）のための時間をどの程度とるかは旅客の判断次第なので適正時間がどの程度と語るのも難しいですね。私ならその時間ではやりませんので。

定時運航率が高くても当日の搭乗便運航がどうなるかは誰にも予測できない以上うまく乗換できればよいのですが、JALやTGのサイトにバンコク空港の案内図もあるので一読されてください。

良いご旅行を。