地球の歩き方を買いましょう

やっぱり運営会社のガイドブックをまず見てから質問する、というのが筋ではなかろうかと思うのですが。
かなり懇切丁寧にマルタ観光の説明をしてくれていますよ。
ヴァレッタからだとチェルケウアにまずバスで行ってフェリーで渡る、というのが通常の方法です。
ただしゴゾに着いてからが問題で、中心部のヴィクトリアにはすぐバスで行けますが、ゴゾ島内部の交通が不便です。私はもう面倒になって結局タクシーに乗ってあちこち行きました。
そう考えると現地ツアーでもいいのではないでしょうか。
日本で申し込まなくても、スリーマやサンジュリアンに山ほど旅行会社があり、店頭に広告が貼ってあります。そこで選べばいいと思います。