代理店を通さず航空会社HPから予約

代理店を介するとトラブルが発生したときに対処不能となることがあります。特に悪天候の場合など。代理店は売るだけなので、売ったらそれで終わりです。
航空会社から直接買えばまだまともに対処してもらえます。私は一度オーバーブッキングにあってから、いくら安くても代理店経由は止めました。
航空会社のサイトから買えば座席指定ができます。といってもこれはそのチケットの値段（ランク）によります。また、安価でのアップグレードのオファーメールも頻繁に来ます。
全日空サイトから買ったルフトハンザ航空券の座席指定ができなかったというレスを上の方が書かれていますね。コードシェアならそういうこともあるのでしょう。私がルフトハンザから購入した時は問題なく事前座席指定できましたので。