丁度私も近々アフリカ南部への旅行を計画し色々と調べているところです。
すでにご自分で調べられた内容かとは思いますが、やはりルートか限られ一旦ヨハネスブルグ（ケープタウンでもいいかと思いますが）を経由すればで１フライトでアフリカを抜け出せるので、それしかない様に思います。
以前ナミビア（ついでにビクトリアの滝）に行った時も日本からシンガポール⇔ヨハネスブルグでした。