途中下車は可能

単なる片道移動なら４人で４万くらいかと思いますが、例のパスは２国を一周できるので倍近くするわけです。
検索で出るのはブルノ経由みたいですが、チェスコビジヨビツエに寄りたければ、そう言えば、そういう切符を発券してくれます。ウイーンからリンツに寄らずチェスコ経由プラハという切符も可能です。
国際線はもちろん、国内だけでも、JRだと１０１km以上という風に、ある距離以上の切符は原則として途中下車できます。

ウィーン・プラハ間の停車駅

もっと簡単分かりやすいサイトもあるのでしょうが、私の知っている範囲内での回答です。

http://oebb.at/en/index.jsp

こちらはオーストリア鉄道のサイトです。

１）Vienna Pragueで検索をかけます。
２）いくつか候補が出てきます。
３）乗りたい電車にクリックを入れ、Details for selectionをクリック。
　　または、Details for allだと全ての詳細が出ます。
４）スクロールを下げると、選択した電車の詳細が出ます。
５）詳細の一番右のProducts という項目に電車の番号（EC172等）があります。そこをクリック。
６）新しいウィンドウで停車駅とその到着時間等がでます。

ウィーン・プラハ間のチケットで途中下車が出来るかどうかは私は分かりません。
そのあたりは、鉄道エキスパートの方のレスが付くと良いですね。

出来るのであれば、Brnoあたりは道すがら観光できるかもしれませんね。