どちらでもお好きな方でいいかと

乗り詰めですから、しんどくなくはないですが、年配者が多く参加してるツアーでも8時間でサンモリッツ～ツェルマットを一日で抜けることは珍しくはないですね。

ただ、何度も乗り継いで行く普通列車のほうが、ちょっと駅のカフェで休めたり、散策できて楽ですね。
それでも狭い機内で12，13時間よりはよほどゆったりしていて楽です。

ベルニナ急行なら全線乗らないと、もったいないですが、他の方も言われている通り、あなたがクールに出たとしても、乗らないクール～サンモリッツ間が氷河急行のハイライトなので、西半分だけ(すなわちアンデルマットから乗車)でもいいかも知れません。