追記

http://www.sbb.ch/en/leisure-holidays/holidays--short-breaks-in-switzerland/swisstravelsystem/swiss-transfer.html
このページの下を見ると、シャモニーは国境駅とはされていないようです。（以前と変わったのかな）
で、ValidityMAPでは、TransferTocketの有効区間になっていますから、TransferTicketとしてはスイス国内に準ずるとして良さそうです。

ただ、貴方の場合、TransferTicketの使い方が通常の使い方と違うので、この辺りのストーリーを明確にして、車掌が、例えば、遠回りしたのか、等と疑われても説明できるようにしとく必要ありかと。