あります

>乗り継ぎなら,フランクフルトでは入国も税関も無しと思いますが

税関の検査はないですが、乗り継ぎでも入国審査(旅券審査)はあります。

シェンゲン協定加盟国非加盟国から協定加盟国への入国に際しては最初の空港で旅券を審査することになっています。

いったん協定加盟国に入国を認められたらその後は加盟国相互の移動では旅券審査はありません。ただしまれに旅券や荷物を調べられることはあります。特に域内でテロ事件が起こった時はそうです。