そう考えてよいです

S（S-Bahn）には S-Bahn MünchenやS-Bahn Berlin など個別の都市にもその名を冠して存在していますが、
どれも全ドイツのSはどの街であってもジャーマンレイルパスで乗れます。

たとえばPDFサイトにはS-Bahn Münchenは載っていませんが、ミュンヘンのS（S-Bahn）はジャーマンレイルパスで問題なく乗れます。
あくまで「S（S-Bahn）くくりで適用」されるためです。