列車の遅れで到着が0時を回ってのパスは有効だと思います

＞最終で帰ると0時を少しまわりそうなので、一本前の列車に乗るようにします。

それがいいと思います。

不正乗車を肯定するようなコメントがありますが、公の掲示板で書くべきではないと思います。

ヨーロッパの鉄道パスは24時で失効です。
JRの青春18きっぷも終電車までOKの東京、大阪の電車特定区間の駅下車を除き、24時で失効です。
JRのフルムーンパスやブリットレイルパスには有効期間最終日の夜行に乗ってしまえば翌朝に着いても有効という特例はありますが、あなたの場合、夜行ではないので、0時過ぎる直前の駅→フランク中央駅の運賃を別途支払うのが正しい対処法となります。
終列車での検札の際、フランク到着の大分前でも、車掌があなたを常識的に考え、フランクまで行くと思った場合、行き先を聞くと思います。
正しく答えると、このパスは24時までしか使えないので、0時を過ぎた分の€〇を払ってくださいと言うと思います。

12月14日までは21：51→2：40が終列車なのでこの列車でしょうか？
これだとシュトットガルト到着時点で0：06と0時を過ぎてるので23：08発のウルム～フランクの運賃が必要に。
もしそうなら、パス2日分消費のほうがお得かも。

0時台到着というと終列車ではなく、1本前の20：44→0：44でしょうかね？。
それなら23：45着のマンハイム→フランク分の支払いかと。

どちらも0時過ぎのあとで検札が来る可能性は少なくないので、24時までの前日有効（日付記入済み）のパスしか提示できないと、不正乗車となり多額の罰金の恐れがあります。


＞もし、列車が遅れて0時を過ぎればどうなるんでしょうね。

これは遅れは先方の責任なので検札時に0時を回っていてもパスは有効だと思います。

ところで、何日のフレキシーパスで、フランク～ミュンヘン往復以外はどの区間を利用ですか？

日帰りでベルリンやブリュッセルなどへも行けますよ。

訂正

24時で失効です。→24時を過ぎて最初に停まる駅までは有効（正確には）

ヨーロッパはよくは分かりませんが、24時きっかりに失効になると思います。