パスでいいかと

バイエルンチケットは青春１８きっぷのような物なので、時間のない方には向きません。

外国人の日本５日間ではほぼ全員ジャパンレイルパスで１８きっぷはさすがにいないかと。タイム・イズ・マネーですから。
プラハも行け、ザルツブルク、ローテンブルク最寄りのニュルンベルクやヴュルツブルクへのICE、ICに乗れて計なら安いと思います。
ツークシュピッツ鉄道も１割引きになりますし、ローテンブルクへのヨーロッパバスも２割引きです。
航空券６万以下なら、ヨーロッパバスにアウクスブルクから乗ってローテンから列車でバックのほうがロマンチック街道各地も観光できていいかも。多少１０万をオーバーしますが。

仏のYHはカフェオレにフランスパン程度、他南欧もコンチネンタル・ブレックファストで朝は簡単ですが、独のYHの朝食はほぼあなたが書いた内容です。

１０万以外に２食の料金と入場料などが必要です。

ミュンヘンのシティYHは中央駅から歩けますし、市内観光も徒歩でも可です。ザルツ、プラハも徒歩で全く問題なしです。

ノイ城への帰りはバス３５分のロイテに出て列車でガルミッシュ経由ミュンヘンをお勧めです。車窓右手がずっとバイエルンアルプスの絶景で、登山電車代が高いツークシピッツェに登れなくても満足するでしょう。
バスのみ別払いで、列車はパスでOKかと。時間もミュンヘン直帰より１時間ほど余分にかかるだけです。