差額を払って１等

差額を払って１等で大丈夫です。
差額とは、利用区間正規運賃の２等と１等の差額です。ミュンヘンとフランクフルトは５５ユーロ＋指定券が必要なら。　窓口で券を見せて購入してください。車内では更に割高になります。

パスを使っての、アップグレードだったのですね

これって、日本であらかじめ予約するのは、ややこしそうです。

ドイツに着いたら、駅の窓口に直接相談したら良いと思います。
案ずるより、産むがやすし、かもしれませんよ。