ライン下り観光船にはスーツケースは乗せられますが

リューデスハイムで観光するのでなければ、オーバーベーゼルまでの観光船にはスーツケース持参でOKです。リューデスハイム駅から港も10分足らずです。

リューデスハイム観光も観光の場合は前の晩、ハイデルベルクでなく、リューデスハイムまで行った方がいいかも。
ハイデルベルクは中央駅で荷物が預けられます。
大都市、中都市の場合は駅にロッカーがありますが、小都市、街の場合はないところもあります。

列車での乗り降りの多いかなりの周遊コースになるので、スーツケース以外(なら何でも可)のほうがいいかと思います。