お返事

＞この旅程だとザルツブルクまでの移動をどうしようかなと考えています。

旅程を確認しますね。
　1日目　ケルン泊
　2日目　ローテンブルク泊
　3日目　フュッセン泊
　4日目、5日目　ザルツブルク泊　
　6日目　ミュンヘン泊
　7日目　朝帰国　　でいいですか？

で、ご質問は4日目フュッセンからザルツブルクへの移動のことですか。
4日目は早めにノイシュヴァンシュタイン城を観光して、普通にミュンヘンに戻り、それからザルツブルクになるでしょうね。約4時間掛かります。
そして5日目、ザルツカンマーグートに日帰り観光。
6日目は、何時頃までザルツブルクあるいはその近郊を観光されるのでしょうか。その後ミュンヘンへ移動。

問題の運賃の件
ユースでしたら、ジャーマン･オーストリアパスのユースもあります。
　5日用、32,400円
　6日用、35,500円です。これは現地で購入できるかわかりません。

○1案（ジャーマンオーストリアパス・ユースの場合）
5日用（32,400円）を購入し、1回だけバイエルンチケット22ユーロ、最終日空港まで10ユーロをプラス。

○2案（ジャーマンレイルパス・ユースの場合）
5日目のザルツブルク近郊には使えませんので、6日用185ユーロに（5日目・6日目）オーストリアのチケットを別途購入になります。ザルツブルク近郊のチケットは当日窓口で正規の値段、もしくはあればターゲスカルテ（1日券）を購入します。
＊＊この案のほうがお得な気がします。

ただ、今回先に提案なさった案では、4日目ミュンヘン泊で、6日目にまた戻っていらっしゃる案でしたので、荷物はそのままホテルで預かってもらえると思いましたが、移動の際は、都度駅のコインロッカーかまたは持ち歩くようになりますね。