確認させてください

1.予約サイトでの予約手数料のみ決済し、
ホテルの宿泊代金は現地で払うということでしょうか？

それとも
2.ホテルの宿泊代金もすでにカードで決済を選択した上で
滞在中にかかった代金外のサービス料のことを心配しているのでしょうか？

1.でしたらわかりません2.ならほぼ大丈夫だと思うのですが。

どちらにせよホテルの決済のみを心配してるのであれば
予約サイト経由でホテルに問い合わせた方が確実です。
もしダメな場合現金払いでも大丈夫かどうかも聞けば問題解消ではないでしょうか