ジャーマンレイルパス利用の場合

ホテルを変えたくない場合、プラハ4泊にしてドレスデン日帰りも可です。ドレスデン→ミュンヘンより、プラハ→ミュンヘンはICバスで速いので。
初めてなら3国の列車（高速列車ICEや特急も）乗り放題のユーレイル・セレクトパス（３国用）が安心かも。欧州はどこも有効なきっぷを持参していないと不正乗車ということで罰金を取られます。JRのように乗り越し精算などできないので注意を。
その点でパスは安心です。乗り間違えても、乗り過ごしても罰金なしなので。時間が損するだけで済みます。
3国はICE、特急でも予約なしでパスだけで乗れます。
予約もできて駅でパスを見せて予約します。独で€4.50です。
ただし、プラハ→ミュンヘンのICバスだけは要予約です。

いろいろ提案して迷わせて済みませんが、旅はまだ先なので選択肢として書きますと
ドイツの列車乗り放題のジャーマンレイルパスも便利です。パスでザルツブルクまで乗れますし、ミュンヘンかニュルンベルクからプラハのICバスも往復乗れます。
そればかりか、ミュンヘンから特急ECでインスブルックやベネチアまでも往復できます。ケルンから2時間のブリュッセル（ベルギ―）もです。
ですから、オーストリアもザルツブルク、インスブルックはOKです。ウイーンはダメなのでザルツブルクからの往復運賃が必要になりますが。
ドレスデンはプラハからドイツ国境の駅まで買えば、その先はパスがあるのでOKです（安い）。帰りはパスを見せて国境からプラハのきっぷを買います。

ジャーマンレイルパス利用の場合の旅程は
ミュンヘンイン、ザルツブルク（別運賃）、ウイーン（別運賃）プラハ（ドレスデン、クルムロフ日帰り）、ミュンヘン、ローテンブルク（あとは同じ）となります。
ウイーンスタートのほうがわかりやすいですが、こちらはザルツブルクも寄れます。

まだ時間があるので自分が一番行きたい街を考えて計画してください。