3900円のようです

まず、ネルトリンゲンですが、城壁一周が徒歩40分、ダニエル塔塔上に登るが込み具合によりますが、30分～1時間ですから、荷物預けの時間も入れ約2時間でも観光可能です。塔が早く終われば、旧市街の散策やお茶でもすればいいかと。
12年ここで相談を受けていますが2時間でメインの２つを回れなかった方は皆無です。

ただ、この街は旧市街散策よりも城壁上から旧市街を眺めるほうが数倍素晴らしいです。
他に城壁一周できる街は欧州全体でも少ないです（仏のカルカソンヌ、西のアビラ、ポルトガルのオビドス、クロアチアのドブロブニクくらい）。ローテンブルクも一部だけだし。
ですから当初の2時間強のプランでもOKかと。万一無理だったら、1本列車を遅らせ夕方着にすればいいので。

遅らせた場合、その日のロープウエイは不可。翌朝9時のに乗れば、10時台の列車に間に合いますが、天気を考えると2日のうち天気のいい日に登るという選択が一番です。
到着日は16時半が最終？ですが、これで登れば上発が17時くらいで、戻れるかは不明です。上も16時半が最終だと16時くらいに登らないとダメなのでチェックしてください。
ロープウエイは往復3900円ほどで安くはないですが、ミッテンヴァルトに行って絶景のカルヴェンデル山に登らない方は余りいません。弦楽器博物館はカットする方がいても。

YH付近からのお花畑の周り360度アルプスという風景（ここは片道1時間歩けばただ、レンタサイクルも安い）と貼カルヴェンデル山ロープウエイはお勧めします。

どちらも晴れていればの条件つきですが。