例えばこんなコースは？

＞既にとった航空券は、
ミュンヘン→ローマ
ローマ→フランクフルト
フランクフルト→パリ
パリ→ロンドン

計画されている１５日グローバルフレキシーパスを利用の場合、パリ→ロンドンを除き、２重払いになってしまいますね。グローバルパスで移動できるので。

１５日フレキシーは４万９３００円なので、あと１５日利用できて、１万７０００円ほど高いだけの１か月連続パスを利用する選択肢も。

ローマからパリまでの航空券をもうキャンセルできない場合、ローマ（列車で伊一周）→フランク（列車で独一周）→パリと、一度ローマ、フランクにもどらなくてはいけません。
まあ、それは大した問題ではありませんが、せっかく列車の旅が楽しめるのに、伊からドイツまでアルプス越えの絶景が見れないのが残念ですね。
全部、列車だとローマ、フィレンツェ、ベネチア、ミラノ経由スイスアルプス、インスブルック、ウイーン、プラハ、ドレスデン、ベルリン、独一周、フランクフルト、ケルン、アムステルダムまたはブリュッセル、パリと一筆書きに効率的に旅行できます。
ロンドンからエジンバラ往復もグローバルパスフレキシー２日分でOKです。連続パスの場合、滞在中もカウントされるので３日か４日分使います。

予定通りローマ→パリも空路利用の場合
ローマ～（以下すべて列車）ナポリ・ポンペイ～ベネチア～ジェノヴァ経由チンクエテッレ～ピサ～フィレンツエ～ローマ（空路フランクへ）
＊ベネチアからミラノ経由スイス一周～ミラノ～ジェノヴァも可。

フランク～ハイデルベルク～ローテンブルク～ミュンヘン～ドレスデン～ベルリン～ゴスラー～ツエレ～リューネブルク～リューベック～ハンブルク経由ケルン～ライン渓谷車窓～フランク（空路パリ）
＊フランクからスイス一周～フランクも可。

パリ～モンサンミッシェル～ロワール城館群～カルカソンヌ～ニース～ストラスブール～パリ（空路ロンドン）
などとするといいかと。