一度早割信仰の呪縛から逃れる

横レス失礼します。

ＣＡならずとも到着が遅れて何時になるかわからないので、夕方以降到着の場合、到着日に早割を買う方はまずいません。乗れないと、早割は無効の上、高いニュルンベルクまでのICE正規運賃が必要に。
最悪終列車になってもニュルンベルクまで行ける3日フレキシーパスを利用が賢明です。
初日はパスか正規運賃のいずれかの選択になりますから。
ですから、あなたが考えた3日フレキシーはベストチョイスだったのですよ。
ニュルンベルク～ローテンブルクを往復してからミュンヘンも運賃はかなりします。
ブリュッセルからケルンはICEで2時間、大聖堂を見学してICEでフランクなら午後早くに着けます。ハイデルベルクまでも余裕で行けます。
この3日にパスを使うのは正解だと思います。

最初はドイツ一周+ストラスブールだと思ってましたが、パリやブリュッセルも行かれるなら3日パスと早割の併用がベストでしょう。

CAなら当日移動は避けるのが賢明

日系なら定刻着をある程度期待できますが、CAとなれば、逆に遅延を前提としたほうが良いでしょう。
最低でも2時間は開けたいので、20時半頃のICEがあ候補に上り、今ならまだ19ユーロの切符があるでしょうが、一時間遅れならアウト。その次では目的地着が翌日、さらに最終のウィーン行きの夜行もありますが、これは事前予約必須だし、それならむしろ、23時半のプラハ行きのICバスの方が安心して寝ていられるだけ楽だし、価格も19ユーロが確実に手に入ります。ただし、現地着は深夜2時過ぎ。

それなら、フランクフルトで一泊しで、翌朝のICEでいけばおそらく19ユーロで済みます。あとはバイエルン切符を使い倒せば良いわけです。予定しているところでは、この切符で乗れない列車よりも却って移動が楽だったりしますので、高速列車（ICやICE）を使うにしてもごく一部で、しかも待ち時間が長くなるので、さほど利点はありません。

他の話題でも盛り上がってしますが、ドイツの宿の朝食だけは美味しいので、ゆっくり食事をしてから行動が一番だと思います。

パリから1日でフランクフルトはキツイでしょう。しかし、ブリュッセルからなら途中、例の大聖堂をみるだけの下車なら十分可能で、切符も通し（途中下車というよりも、その街を経由地にして滞在時間を入れれば必ず乗り換えになる）で買えば若干ですが安くなる可能性（良い組み合わせが得られれば）があります。まあ、19ユーロの二倍よりも一割ほど安くなるだけですが。

Rail＆FlyはCAでも扱っています。ドイツのサイトならちゃんとあり、オンラインでも代理店でも買えるとなっていますが、日本語サイトはどうでしょう。電話で支店に聞けば買い方を教えてくれますが、多分、オンラインには対応していないでしょう。これは到着翌日でもOKで出発前日でも使えます。ドイツこくないなら何処でも良いので、長距離だったら、また到着日にはお得。早割と違い、列車指定ではないため。でも、今回は到着が遅いので、適さないと思います。