パスでミュンヘン～プラハのICバスに乗れます。

どちらでもいいでしょうが、パス利用の場合は最後か最初にニュルンベルクまたはミュンヘン～プラハのICバス利用とすると,ICバスもパスで乗れます。
ドイツ内での高速列車ICE、特急ICは予約なしで乗れるので、検札が来たらパスを見せるだけです。
ICバスのみ要予約（€4.50）です。

フランクフルト～シュトットガルト～ニュルンベルク～ライプチヒ～ドレスデン～ミュンヘン～プラハ（または逆）となるかと。