荷物スルーはできると思います。搭乗券は・・・微妙

2枚の航空券をみせれば荷物はマドリードまでスルーが可能でしょう。
搭乗券は・・・微妙なところですね。同じアライアンスの提携先ですのでできる気もしますが・・・しかし発券元がイベリアなので成田のJALカウンターではできない、再度乗り継ぎ地で手続きしてくれと言われるかもしれません。

しかし、1時間半程度到着が早くなることが航空券を2枚に分割するリスクをおかしてかつ余計な費用を払うに値するメリットとは思えないのですが。

繰り返しますが、乗り継ぎ地を境に航空券を2枚に分割すると乗継でトラブルあったときに航空会社側が便宜をはかってくれません。帰りの日に万一帰路のイベリア航空がストでもしたら、航空機が故障して動かなかったら、天候不順で欠航したら・・・・帰りのJALの成田行きは自己手配するしかありません。（事情をはなせばJALの温情で乗せてくれたり、安い追加料金で乗せてもらえるかもですが、これはイレギュラーなことなので期待してはいけません。またこの際イベリア側はおそらく知らんぷりするでしょう。）

もうひとつリスクを軽減し、到着時間を早くする方法。
往路の到着時間だけが気に入らないのですから
１）ＪＡＬ特典　成田ーアムス/バルセロナーロンドンー成田
２）イベリア自己手配　アムスーマドリード往復購入して往路のアムスーマドリードのみ使用。帰路は放棄（御承知かと思いますが片道航空券は異常に高いので片道のみ使用でも往復購入をしたほうがよいです。）

こうすれば往路は航空券2枚分断のリスクが多少ありますが、帰路はその心配がなくなります。