寝台でマドリがいいかも知れません

寝台が取れたら朝マドリに着いて、ホテルへ荷物を預け、トレド日帰りするのがいいかと。朝のチャマルティン駅は人通りが少ないということはありません。リスボンの駅へは早めに行けば問題ないでしょう。

グラナダへは朝の特急がいいかと。コルドバからマドリは問題なくAVEでしょう。
またはマドリでは泊まらず、荷物は駅に預けてトレド往復。夕方の特急でグラナダへ、泊も可能です。
その場合、グラナダに丸1日滞在して夕方の特急(またはバス)でコルドバへ、泊という方法も。

どちらも着が夜となるので、不安でしたら、マドリ泊、グラナダ泊、マドリ泊で。

時間が余りないので列車、バスは所要時間で選択すればいいかと。