日本語のホテルサイトもありますよ。

はちみつばちさま。ぐーてんたーく!

>ちなみに、この時期ってホテルも日本から予約をきちんととって行った方がいいんでしょうか?

ミュンヘンは日本から予約をしていった方がいいです。
もし、ミュンヘンの郊外でもよければ、Dachau(ダッハオ、ミュンヘン迄S-Bahnで20分、REで11分)やAugsburg(アウクスブルク、ロマンチック街道のひとつの町でミュンヘン迄1時間)

ミュンヘンのホテル
http://www.booking.com/city/de/munich.html?aid=301584;label=munich-LJeYkFiaTcYyzrzfD3lEAgS578829493;sid=168a18deb91a47da7957676d86910b7d
ダッハオのホテル
http://www.booking.com/city/de/dachau.html?aid=301584;label=dachau-*5o33vLIYs0XbdADfaAJ7QS717116293;sid=168a18deb91a47da7957676d86910b7d
アウクスブルクのホテル
http://www.booking.com/searchresults.html?aid=301584;label=dachau-*5o33vLIYs0XbdADfaAJ7QS717116293;sid=168a18deb91a47da7957676d86910b7d;checkin_monthday=9;checkin_year_month=2007-8;checkout_monthday=10;checkout_year_month=2007-8;city=-1742412;class_interval=1;offset=0;si=ai,co,ci,re

ミュンヘン市内の路線図
http://www.mvvmuenchen.de/web4archiv/objects/download/3/schnellbahnnetz_2007.pdf


>最初の宿泊だけとっておけばなんとかなるかなぁと思ってたんですが、

平日の昼頃までその町のツーリストインフォメーションに着くことができれば、何とかなると思います。また、滞在中の町のツーリストインフォメーションから探してもらうこともできると思います。
ただ、車の移動だったらいいのですが、列車移動ですと、タクシーでないと行けないところだったり、かえって割高になったりします。

スケジュールは余裕を持って計画しましょう。

数日に1日くらいは全く移動が無い日があってもいいと思います。
例えば、Bad-Reichenhall、Bad-Ischl, Hallstatt,　Gosauseenのような閑静なところで、日常の生活を忘れてボーっと一日過ごすのも価値があると思います。

>完全に個人で手配するヨーロッパ旅行は初めてな上、英語すら覚束ないもので、いまいち不安になってきちゃって…

どうやっていいか分からないことがあれば、ご遠慮なく、ここでどんどん質問してください。

ドイツやオーストリアは日本人の観光客も多く、観光地の人も慣れていますし、列車などは時刻表検索を使いこなせるようになれば何とかなります。

http://hvanilla.web.infoseek.co.jp/
前にも貼り付けましたが、ドイツ、オーストリア旅行にたいへん役立つサイトですので是非お読みください。