はっきりしたことはわかりませんが

それは、夜行寝台での話ではないですか?
パスポートを預けたというのは、国境を渡るために必要だったのではなく、寝台使用≒宿泊とみなされパスポートを預かったのではないかと思います。

寝台ではありませんが、イタリアのホテルに宿泊したとき、宿帳の記入がない代わりに人数分のパスポートをフロントの人があずかると言って最初はかなり驚きました。
まあ、すぐに返してくれましたが。

ホテルのチェックイン時のパスポート提示と同じようなものではないでしょうか。