個室寝台はホテルではスイート、そこまでは不要。一般の寝台で十分安全かと

ブリュージュはベルギー一の観光地、世界遺産でメジャーですよ。パリ8日間フリータイムなどホテルが全部パリという自由時間のみのツアーでも、日帰りというとベルサイユやモンサンミッシェル(MSM)と並んで日帰りの定番になっています。MSMより所要時間が短いせいもありますが。

スイスはまだアルプスハイクには早いですが、スイスで1ヶ所行くなら断然グリンデルヴァルトだと思います。涙だ出るほどすごい眺めです。イタリアへ抜けるなら(または逆コース)世界遺産の鉄道、ベルニナ急行に乗ってください。欧州で一番の車窓展望です。ベネチア～ミラノ経由、ティラーノ、サンモリッツ、ルツエルン、グリンデルというコース(または逆)となります。

イタリアではべネチアに1泊するといいですよ。世界で一番素晴らしい街に挙げる方も多いので。
フィレンツエも同様に素晴らしいです。

ヨーロッパ人にヨーロッパで一番行きたい街のアンケート(複数回)でたいていベスト３を占めるのはフィレンツエ、ローマ、ベネチアです。

べルリンよりドイツではロマンチック街道(ローテンブルク、ノイシュヴァンシュタイン城)のほうがはるかに素晴らしいです。日本人の2人に1人は訪れる一番の人気観光地です。ライン下りもとても人気があります。
ベルリン2泊を、ロマンチック街道に、アムステルダム2泊の1泊をベネチアにするなど、いろいろ検討してみるといいですよ。

最初のヨーロッパは浅く広くがベターです。気に入った国、都市はそこだけまたゆっくり滞在すればいいかと。

たまには連泊しないと洗濯などにも不便なのでロンドン、パリ、ローマ、ウイーン、プラハの５大観光都市は連泊がいいと思いますが、他は1泊で浅く広くがいいと思います。

ドイツ、スイス、オーストリア、ベネルクス3国では新幹線ICEや特急ICも予約なしで乗れます。タリスのみ要予約で追加料金も要ります。曜日、時間帯によって2等は満席のこともあるので、たいていガラガラの1等のほうがベターとはいえます。

座席での夜行は盗難などもあるので避けたほうがいいかも知れませんが、寝台を取れば、個室でなくてもまず問題はありません。女性でも個室利用は一部です。

夜行列車はリクライニングシート(ない列車も)、簡易寝台(クシェット)、寝台からなります。お金のない順に左から選んでいます。寝台(3,4人室)は個室でなくても最高級なのです。個室はホテルでいうとスイート、普段、スイートならそれもあり得ますが、そこまでする必要はないでしょう。欧州は狭いので速い昼間の新幹線移動でOK。寝台利用はスペインとの間だけでしょう。