6日もあれば、色々回れそうですね！

スペインに興味がおありなら、いっそのこと
マドリードin→空路でリスボンへ→仕事終了後、空路でバルセロナへ→
バルセロナoutと言うのもアリですね。

美術館がお好きなようなので、先の提案に書いたように
日・月はマドリードでアート三昧されてみてもいいかもですね。

日曜日の15：00～19：00と月曜日の19：00～21：00には
ソフィア王妃芸術センターが無料に、
日曜日の17：00～19：00と月曜日の18：00～20：00には
プラド美術館が無料になります。
（※ソフィア王妃芸術センターは10月12日が終日無料DAYのようですね。

↓詳しくは、美術館のHPでご確認ください。
http://www.museoreinasofia.es/en/visit/opening-hours-and-ticket-prices
http://www.museodelprado.es/en/visit-the-museum/ticket-sales

そして火曜日にはリスボンへ移動。火曜日は余った時間を利用して
リスボン市内散策をしてリスボンに慣れておくと
翌日からの仕事に活かせるかもですね。

仕事後の土・日・月ですが、ポルトガル国内を旅するのもいいですし
上記の提案のようにバルセロナに向かわれてもいいでしょう。
また近郊の町を回るために再びマドリードに戻られるのもいいかもしれません。

ところで、ポルトガル国内を旅するのは難しくないですよ。
鉄道で行きやすいのは南北移動ですので、
例えば北部ポルト～中部コインブラ～首都リスボン～南部ファロなど
南北の都市間の移動は鉄道利用がお勧めです。

鉄道以外の移動手段としては中～長距離バスがあります。
ポルトガルではリスボン・ポルトと言った大都市を基点にバス便が充実していますから
鉄道ではアクセスしにくい場所へ行く際はバス利用をどうぞ。

後はonikyuさんの好みによって、残りの日をポルトガルにするのか
スペインにするのか決めてください。
ポルトガルはスペインほどの観光名所はあまり無いですが、
日本人には共感できる国だと思います。

日本語の中に息づいているポルトガル語源の言葉を見つける楽しみや
素材の味を大切にした優しいポルトガル料理の調理法、
最初は少しシャイだけど話しだすとお喋りが止まらない
世話好きで温かい国民性、芸術的なアズレージョ（絵タイル）が飾れられた家々、
黒と白を基調にしたポルトガル独特のカルサダス（石畳）、
坂を上り下りする黄色くてかわいらしいリスボン市電のある風景など、
色んな国を見てきた人がホッとする要素が
ポルトガルの中にはいっぱい詰まっています。

・・・何だかオリンピックのプレゼンみたくなってきましたが、
いかがでしょうか（笑）。