全体のコストを下げるために

どういう形にするか横からどうのこうの言う立場でもなく、またそのつもりもない。
ただ全体の予算があるとのことであり、また希望についても質問にある旅程と、ツアーの旅程が微妙に違っているのでそのことを踏まえ、費用の削減を図ることを勧める。
主たる目的といっているベニチュアに関してはツアー参加の場合、観光に充てられる時間が少なくなると思われるが、これはやむを得ないと考えればよいだろう。プラハ、バルセロナが増えている分旅行代金が高くなっていると思われるが、広く浅く見て回りたいという希望には沿うものなので甘受すればよいだろう。プラハもバルセロナも人気の高い定番都市といってよい街であるので。
モンサンミッシェル１泊、というのがないが、これはパリ滞在中に日帰りすればカバーできる。
１泊することの良さもあるが、日帰り客が圧倒的におおいいという現実から、広く浅くという点では日帰りでも十分目的を達することができると思う。
ノイッシュバンスタイン城は質問のコースでも日帰りと思えるのでミュンヘンからの日帰りで考えればよいと思う。
オーストリアから行っても、ミュンヘンから往復しても時間がたいして変わるものではない。
オプショナルツアーが設定されているとのことだが、トピ主さんと同行の友人次第だがオプショナルツアーに参加せず行くことがいくらでも可能である。あまり露骨に書くとツアーの会社にいやな顔をされるので控えるが、一般的にいうとオプショナルツアー代金は高めである。別に暴利をむさぼっているわけではないが、諸般の事情により結果的に高くならざるを得ないのだ。考えたり、手配することが面倒であれば四の五を言わず参加すればよいのだが、個人手配の旅行も考えている学生であればその部分だけでも磁力でやってみるというのもよいだろう。ほぼ間違いなくコストダウンが可能となる。
モンサンミッシェルでいえばパリ発の現地ツアーの利用が考えられる。日本語ガイド付き、英仏語ガイドつき日本語テープ案内有、英仏ガイドつき、送迎のみ(ガイドなし)の順で安くなるのが一般的。日本に居ても検索可能だが、現地で探すこともできる。これとは別に自分で列車を使い行くことも可能。ガイドはつかないがある程度事前に勉強しておけば困ることはない。TGVの早割をうまく使うことができれば費用面も大きく抑えられる。
ノイッシュバンスタイン城に関しても同じで、現地発着のバスがある。またバイエルンチケットを利用すれば列車を使って安く行くことが可能となる。オフシーズンなので入場(城)予約までしておかなくてもよいとは思うが、念のためネットで予約しておけば安心できる。
双方ともオフシーズンなのでバスによる観光は設定が少なくなっていることがある、ということと客が集まらないのでキャンセルされることがあるので注意が必要ではある。

ツアーに申し込んだ場合で一番困るのは最少催行人員に満たないということでツアーがキャンセルされた場合である。
提示された付近の出発日に参加する、あるいは類似コースで我慢できるのでそれにするのであればよいが、どうしようもない、しかしゆきたい場合また手配を自分たちでしなくてはならなくなる。その場合コースに重点を置くとすると費用が結構かさむことがおおいい。費用に重点を置くとコースから考えなくてはならないことになる。
まあ、そんなことにならないとは思うので友人とよく相談すればよい。

オプショナルツアーだけでも個人で計画してみては？

横から失礼します。

ツアーになさるようでホットしました。

皆さんがおっしゃるように1か月を切っているのに、これから航空券の手配、ホテルの手配、それに個人旅行となると訪問都市の詳しい下調べもしなければならないし大変です。
日も短いし思ったように動き回ることはできないかもしません。

ただ、モンサンミッシェルとノイシュヴァンシュタイン城はオプショナルツアーが組まれているということは、丸1日フリータイムがあるということですね。
でしたらそこだけでも個人で行かれたらいかがでしょう？
オプショナルツアーは結構高いと思います、その半額以下で行けますよ。

例えばドイツの場合。
ノイシュヴァンシュタイン城に個人で行けば、交通費はバイエルンチケットが使えますので、3人で31ユーロでOKです。
お城の入場チケットは一人たしか13ユーロ。計一人23ユーロです。オプショナルツアーはおいくらですか？
またお城もネットで予約しておけばスムースに入れます。
早くミュンヘンに戻れたら、その後の市内交通（地下鉄、市電、バスなど）もバイエルンチケットで大丈夫です。

モンサンミッシェルのことは詳しい方からコメントがあるといいですね。
若い男性3人の旅、楽しそうですねー。