カプリはナポリの近郊といった位置ずけ

わかっていませんね。
本当にヨーロッパに一度でも行ったことがあるのですか？
ナポリ＝カプリと考えても問題ありませんが、シチリア＝マルタはありえません。
ナポリやシチリアにはグロールパスで行けますので、カプリへは行けると同じです。

列車でなく、駅から別料金でバスでしか行けないところは沢山ありあすね。サンジミニャーノとかサンマリノとか。
でもそれらはグローバルパスの範囲なのですよ。
カプリなどは高速船ならあっという間に着きますから。