クラクフでは丸２日滞在が理想です

ポルトガルの旅が楽しかったようでよかったですね。

今回は初日の乗り継ぎに不安のようでしたので、１区間減らして提案しましたが、長時間フライトは少しも苦にならないほどお体はとても元気なようなので、そのままあと１時間のフライトする選択肢も。

ワルシャワ着が午前早くですから、その日のうちにグダンスクに着けないことはまずないと思いますが、もし超大幅な遅れで同日乗り継ぎができなくても、航空会社が手配した翌朝の便には乗れます。
航空券を順に使う限り、こちらのミスで乗り遅れない限り、遅れても着きますからご安心を。

列車のきっぷは例えば、東京から博多までのきっぷで新幹線で東京→新大阪、新大阪→岡山、岡山→博多と指定券を取って、新大阪～岡山は知り合った方の車で移動新大阪～岡山のキャンセルしなかった場合、その指定券が無駄になるだけですが、航空券方式だと、岡山→博多の指定も取り消されちゃうのです。

前回の相談でも列車のきっぷを買うのが苦手とありましたが、欧州のどこにでもあるユーレイル・（国名）パスの利用がいいかと。ポルトガルのときも勧めればよかったですね。

ポーランドにはユーレイル・ポーランドパスがありますが、これは最低でもワルシャワ～グダンスクとワルシャワ～クラクフの往復に利用しないと元が取れないかと。基本的にはその国の主要観光地を周遊すると元がとれる料金設定です。
ポーランドの場合は仏、伊、西などと同様高速列車や特急は要予約なのでパスがあっても窓口で予約を取らなければなりませんが、独、スイス、オーストリア、ベネルクス３国、チェコ、デンマークといった欧州中央部の国々は高速列車・特急でも予約なしで乗れます。
日本の旅行社（一部の国は現地駅でも可）でパスを買い、空いた席に座ればいいので、きっぷを買う必要がありません。
トピ主さんの場合、以上の国々が向いているかも知れません。

なお、ポーランドではクラクフと周辺にできれば丸２日、最低１日半は必要です。
クラクフと、そこから列車・バスで３０分のヴィエリチカ岩塩鉱は１９７８年に世界遺産第１号として世界で１２カ所が登録されたときの２か所です。欧州では他にアーヘン大聖堂（独）だけですから、必訪といってもいいかと。あと、アウシュビッツをいれて丸２日必要ということに。
クラクフ２泊だと１日目正午前後着、３日目正午前後発のような日程が理想的です。
クラクフがタイトな場合、ワルシャワは旧市街中心に半日でもいいかも知れません。