列車は基本自由席ということを頭にいれておいてください。希望すれば予約もというシステムです

時間は決まっていません。
チェコ、オーストリアは基本、特急RJ、IC、EC全席自由席で、希望すれば駅でパスを見せて予約可能（３€？）という方式です。

JRの新快速、特快、快速、普通に乗るのと同じですが、それら列車に座ろうと思ったら、席に赤い印があって予約席だったというのが違う点なわけです。

ハンガリーが複雑で、国内線はRJ,ICなどの特急は要予約です。
ウイーン～ブダペストは国際線なので不要というのと、要予約の国内線RJ区間が含まれているのだから要予約という説、
国内線相互発着のRJを利用した場合のみ必要と、ヨーロッパ鉄道時刻表の記述も矛盾しています。

３都を結ぶ路線はいずれも予約なしでも座れるケースが多いですが、１００％座れるとは限りません。
で、万一に備えて予約する方も多いのですが、たいていは空席も目立ち「予約しなくてもよかったね」となります。３都間に限らずですが、予約は任意の区間全般で、時刻、曜日により逆のケースも。
この辺は旅の経験によるかも知れません。
私は金額よりも窓口に並ぶ時間がもったいないので、ほとんど予約しませんが、1000回以上の乗車で立った記憶がありません。
ただ、単に運がいいだけだったかも知れませんから真似されても責任持てません。

それと観光中の食事時間がもったいないので、お腹ペコペコになり乗車は食堂車に直接も多いです。
そのうちお酒も入って食後席を探すのが面倒になり、コーヒーやケーキを追加して居続けることも（待ってる人がいない場合）、その際席を探していたら、満席状態のことがあったかも知れません。
結果的に立ったことがないというだけです。

日本で区間乗車券を買うと普通運賃・料金です。

ハルシュタットへは安い早割などが手に入ればそれでいいかと。
2回乗り換えのハルシュタットまでの早割は特急2区間のみで、普通列車の早割はありません。前もって普通乗車券が手に入るというだけです。
帰りも早割は特急区間のみです。