パスは効きます。寝台料金だけでOK。

列車は１往復が基本ですから、片方だけないことは通常ありえません。船下りでは急流で上りが不可の場合、陸送ということで下りのみもありますが。

パスはすべての列車に効きます。追加として寝台料金や予約（昼のICなど）の追加料金が必要なだけです。
ネットでできないときは、現地到着後窓口ですれば、いいかと。たいてい取れます。