スイスのビザ無し滞在90日は、他のシェンゲン加盟国滞在とは別やね。

他のシェンゲン加盟国滞在は、スイス滞在の90日とは別途計算されます。
http://www.eda.admin.ch/eda/ja/home/reps/asia/vjpn/ref_visinf/visjpn/jpcvis.html

問題は、シェンゲン加盟国内の移動の証拠が無いことですな。
つまり、あんたが、フランスに滞在してるって、証拠が無い。
それと、フランス側は、他のシェンゲン加盟国滞在も計算にいれる。つまり、OverStayの状況でフランスに居るとまずい。

せやから、スイス大使館に以下の様に問い合わせることも出来るかな。
「私は、ビザ無しで、スイス＊＊＊空港から入国しました。そのままフランスに行き80日程度滞在します。その後、スイスに15日ほど滞在して、スイス＊＊＊空港から入国します。この場合は、ビザ無しで支障ないと思うのですが、スイス、フランス間の移動はパスポートチェックが無く、フランスに滞在した記録が残りません。その為、貴国の出国時に90日超過の不法滞在とされる恐れが、あります。このような場合、どのようにすれば、貴国出国を支障なく行えるでしょうか？」
って、試しに、上記ページのE-MAILに問い合わせるか、フランスの友人に頼んで、フランスのスイス大使館に問い合わせたら？