通しの航空券なら後発便に振り替えてくれます

　通しの航空券の場合、乗り継ぎ前後で航空会社が違っていても出発地でのチェックインで乗り継ぎ客が無事出発したことがわかりますので、乗り継ぎ地への到着が遅れるような場合は相応の対応をしてくれます。
　待つかどうかは他の乗客の事や諸々の費用のことなどを含めて航空会社のその時その時の判断でしょうが、航空会社には最終目的地まで届ける義務があるため、遅れた乗客に対する対応はしっかりしてくれます。
　ちなみにＡ→Ｂ→Ｃを別切り航空券とした場合、乗客にとってＢは最終目的地Ｃへの乗り継ぎ地ですが、Ａ→Ｂの航空会社にとってはその乗客の最終目的地ですから遅れたとしてもＢに到着すれば義務は果たせたわけで、Ｂ→Ｃに関しては何も責任は有りません。Ｂ→Ｃが同じ航空会社であっても基本的には事情は変わりません。

　個人的には日本からの出発が送れたためヨーロッパ内での乗り継ぎで同じ会社の後発便に振り替えてもらった経験があります。
　あと、普通に乗り継ぎ手続をしていると間に合わない、乗り継ぎ便の出発まで10分ちょっとという時間の着いた際、飛行機を出たところに航空会社の職員さんが行先空港の名前を書いたカードを持って待っていて、そこへ向かう人が集まったとこころで車を使った特別ルートで出発便まで連れて行ってくれたことがあります。搭乗完了でドアが閉まり、席に着いたらプッシュバックでした。
　宿泊が必要になるホテルと夕食クーポンの提供を受けたというのも聞きますね。
　場合によっては（交渉によっては）後発の他社便への振り替えも行うようです。