ギリシャで正確と言える長距離交通機関

本土を走るバスくらいでしょう。
船も飛行機も天候の影響を受けますし、ストだってやりますから。
正確かどうかよりもきちんと運航してくれるのか、心配するならそっちです。

どうしてもどちらか選べと言われたら、飛行機でしょう。
個人的に船の遅れは30分までは当たり前と思っています。
飛行機は本土と島の単純往復の繰り返しですが、船は寄港をするうちに遅れが広がりますから。
他の方の質問でも書きましたが、長距離を走る船の場合、2時間遅れもありました。
途中でその船を降りましたが、最終的にはもっと遅れたはずです。

経験上、島からの飛行機が30分以上遅れたのは1回だけです。
（島から戻る時は船の利用の方が多い）
確率としては1割もありませんが、それでも遅れに対応出来ないようなスケジュールにはしません。