どうしてもクロアチアなら

　ザグレブ/スプリトなら鉄道もありますが時間が掛かります。
　小さいお子さんにバスの長旅はきついと思いますので、ザグレブ、スプリト、ドゥブロヴニクなら飛行機を使う手もあります。例えばザグレブ/スプリトは所要時間50分で、早期割引なら400HRKちょっとくらいからだったはずです。

　　　　http://www.croatiaairlines.com/

　なお、プリトヴィツェ湖群国立公園はザグレブからバスで往復すればよいでしょう。片道2時間ちょっとです。