ちょっとした参考になれば...

すでに十分準備されているようですね。
事前にストライキ情報を手に入れて、列車は遅れるものだと考えていれば、
現地でなんとか対処できる、と思います。

私の場合、乗換えはしたことないのでアドバイスできない立場です。
ESと普通列車しか乗車経験もありません。

昨年の豪雪時?にESに乗りましたが、Milano Centrale～Venezia St. Luciaで約40分ぐらい遅れました。
その他ESはほぼ定刻に近い乗降車で済みました。
それでも、早めにホームに着いて出発の確認(何番ホームか?)をしてましたね。
掲示板を眺めていた時、1時間以上遅れてたものも確かに見かけました。

単に時間的なもので検討されるなら、Pisa Centrale から一度Firenze S.M.Nに戻りESに乗車された方が早い
と思いますが...

確かにESは、乗客の中でスーツケースを載せる人を見かけます。
普通列車でも棚の上(座席シートの上)に、イタリア人の方は持ち上げて載せてます。
彼らは、結構力持ちのようです。

彼らの休みの最後の日(日曜日)夕方から夜にかけて、普通列車のなかに適度な酔っ払い客がいました。
乗車駅からTerminiまで時間がかかるから、こっちは座りたかったので、このような客層
のなか、車両を移動し、やっと席を確保しました。

イタリアは、南下(Romaより下る)するほど英語(米語か?)が通じなくなります。
それと日本のガイドブックに載らない街の駅では、出発到着の掲示板もないし、切符の販売も券売機のみ(私は事前に購入済み)です。
もちろんイタリア語で言うことはできても、聞き取れない私は、ただひたすら普通列車が停車するのを待つのみでした。

最後にLeonardo Expressの乗降車が終わるまで、特に注意することぐらいかな。
Terminiのホームは遠いところにありますが、乗り遅れても次の列車に乗ればよいだけです。