途中２,３泊できれば両方行く方法もありますが、

はい、それでよろしいかと。

ローマもいれて、３都のどれが一番いいかを１００人に聞くと、３３対３３対３３くらいになるくらい甲乙丙付けがたいです。
「ヨーロッパ人」にヨーロッパで一番行きたい街のアンケートを取ると、フィレンツエ、ローマ、ベネチアがベスト３を占めるそうです。
日本でならパリやウィーンが一角を占めそうなので、感覚の違いを感じますが、それくらい３都とも素晴らしいです。
時間があれば、ベネチアに着き、高速列車でフィレンツェへ。最後はピサから地中海の絶景(エルバ島やサルジニア島)を見ながら、直接ローマに入るプランもいいです。

ベネチア、フィレンツェ各１泊でローマに行かれるかたも少なくないので、途中で３泊できれば、フィレンツェを２泊にして２都市周遊は可能かも知れません。勿論、フィレンツェをじっくりみたいにであれば、聞き流してください。

ぜひ、いつかはベネチアへも。