3コースはオプション全く不要かと思います

私は海外の定期船、フェリーは多いですが、クルーズは10回程度です。

ドブロブニク、ピレウスは何回か港から旧市街、アテネ市内にバスやタクシー、電車で移動しましたので、参考にしてください。

ドブロブニクは旧市街までタクシーやバスでもすぐなのでオプションは全く不要かと。
オプション参加者が先に下船。自分で行くひとは後の下船ということもありますが、おそくても1時間後には旧市街に着けるかと。
余裕を見て旧市街は4時間の滞在がいいでしょう。城壁上一周と旧市街のメインストリートなど市街散策、スルディ山からの眺め(往復込み)に各１時間、ランチ1時間が目安でしょう。オプションでも滞在時間は同じか、30分長いだけかと。

ピレウスでは駅まで徒歩往復でも十分時間がありますが、タクシーでもすぐです。
アテネでは所要ポイントはゆっくり見れます。全部歩きで。

サントリーニも山上までたとえ、歩いても時間は十分あるほどです。

バーリからアルベロベッロも私鉄往復でも可能ですが、ここはオプションのが無難とはいえます。